Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgagacttgagatgaacaaattttatgttcgtctccctcattatatcatctactttaacagaagttcataaatgatgatgcagCTGGAGTCAATGATCAAGTTGAGCATGCGGTGGAACTTGCAGAGCTACTCCGTGAATGGGGTAAAACTTATCACGTAAATTTGATACCTTACAACCCGAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G39670.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124916095|gb|EH989969.1|EH989969
EST:     GAAACAAATAGACGAGTCTCTTTCGAATATGCCCTTCTAG                         CTGGAGTCAATGATCAAGTTGAGCATGCGGTGGAA
genomic: GAAACAAATAGACGAGTCTCTTTCGAATATGCCCTTCTAGgtatgtgaga ... gatgatgcagCTGGAGTCAATGATCAAGTTGAGCATGCGGTGGAA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcgtctccctcattatatcatctactttaacagaagttcataaatgatgatgcagCTGGAGTCAATGATCAAGTTGAGCATGCGGTGGAACTTGCAGAGCTACTCCGTGAATGGGGTAAAACTTATCACGTAAATTTGATACCTTACAACCCGAT
                        ctttaac  putative branch site (score: 3)
           attatatcat  TA-rich tract