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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtcttgaattctttgtgcaattcttttcactggttcatagcaacttgaaatgtagatttagttccgtccctaacgataactctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCTAAAGGATGATGGCTCCAGCATGGGGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G20360.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT2G20360.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
lower sequence: LOC_Os02g57180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
----gtacgtcttgaattctttgtgcaattcttttcactggttcatagcaacttgaaatgtagatttagttccgtc--cctaacgataactctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCTAAAGGATGATGGCTCCAGCATGGGGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCA
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gccgttacggcttataatcagtcgtaggcaaccgatggggacctacataaacttccacagcaggtgagataacatgaatgcaaccttttggtttttgcagGATTCAGCCTGTTTATGTTGTGGATGTTGCTGCTGCTATTGTCAACTCCCTCAAGGATGACGGCACCAGCATGGGAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116401381|gb|EG443973.1|EG443973
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116377195|gb|EG419787.1|EG419787
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC
EST: gi|116401379|gb|EG443971.1|EG443971
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116377193|gb|EG419785.1|EG419785
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGA
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGA
EST: gi|116401374|gb|EG443966.1|EG443966
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|86059346|gb|DR355103.1|DR355103
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116401371|gb|EG443963.1|EG443963
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116401376|gb|EG443968.1|EG443968
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116383740|gb|EG426332.1|EG426332
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116377192|gb|EG419784.1|EG419784
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC
EST: gi|116377191|gb|EG419783.1|EG419783
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGA
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGA
EST: gi|116383739|gb|EG426331.1|EG426331
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116377190|gb|EG419782.1|EG419782
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGAT-TTGCTGCTGC
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC
EST: gi|116383744|gb|EG426336.1|EG426336
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116387790|gb|EG430382.1|EG430382
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCT
EST: gi|116377200|gb|EG419792.1|EG419792
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTT
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTT
EST: gi|47828656|gb|CK118340.1|CK118340
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATG
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATG
EST: gi|116377196|gb|EG419788.1|EG419788
EST:     TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAA                         ATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC
genomic: TTCGTTAAAAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGTGGAACCACCAAgtacgtcttg ... tctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catagcaacttgaaatgtagatttagttccgtccctaacgataactctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCTAAAGGATGATGGCTCCAGCATGGGGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCA
                                            ctctact  CT-rich tract
                 tagattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtacgtcttgaattctttgtgcaattcttttcactggttcatagcaacttgaaatgtagatttagttccgtccctaacgataactctactgcagATTCCAGCCTGTTTATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCGATTGTTGCTGCTCTAAAGGATGATGGCTCCAGCATGGGGAAAACATACGAATTGGGTGGTCCA

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