Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaagtcaaacattcgcaatcgacaaatcatttttttggtttgcgtcaaagagttgtatatgttttctcagtcaaaggaattttatatatcttaagcacactataattttgtgtgttctactttctgtatggcagGGTCAGAAGCTTAATGAAGTTAATGACCTTTATTTAGTTGAGGTTGGCGTTTACTGTTCGTTTAATCAACTTCTGGAGTATGGATTTTACCATGCCGATC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G71810.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125030582|gb|EL102851.1|EL102851
EST:     TGTACACAGAGTACAGTACCAGCAAAGTTCTTGTAATGGAATGGGTGGAG                         GGTCAGAAGCTTAATGAAGTTAATGACCTTTATTTAGTTGAGGTTGGCGTT
genomic: TGTACACAGAGTACAGTACCAGCAAAGTTCTTGTAATGGAATGGGTGGAGgtatgaagtc ... tgtatggcagGGTCAGAAGCTTAATGAAGTTAATGACCTTTATTTAGTTGAGGTTGGCGTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttatatatcttaagcacactataattttgtgtgttctactttctgtatggcagGGTCAGAAGCTTAATGAAGTTAATGACCTTTATTTAGTTGAGGTTGGCGTTTACTGTTCGTTTAATCAACTTCTGGAGTATGGATTTTACCATGCCGATC
                                   ttctactttct  CT-rich tract
                   actataatttt  TA-rich tract