Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatacctgttacttcttgatttatggttttagtgttttactattttatttgtagcaggcacaccttgaggttaagatgaacagacaacaaaagctccatgtaatgtaatatgttcctaaacatgcagGGTTATGGATCCTTCTTATTGCGAGATTTGCCTTTTGACGCGCTCCAGTTTTGTGTTTATGAGCAATTACGAATTGGATACAAGTTGGCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G34065.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G34065.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv18s0157g00180.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatacctgttacttcttgatttatggttttagtgttttactattt-tatttgtagcaggcacaccttgaggttaagatgaacagacaacaaaagctccatg-taatgtaatatgttcctaaacat-gcagGGTTATGGATCCTTCTTATTGCGAGATTTGCCTTTTGACGCGCTCCAGTTTTGTGTTTATGAGCAATTACGAATTGGATACAAGTTGGCT
                           |||   ||    | ||||  |   || || |   |   ||  || | | |    |          |  |  | || | || |  ||| ||     | || |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||  | ||||||||  |||| || || || ||| | || 
---------------------------tttcgatga--gattattcatgaatgcagta--tatttctgtagttcatgtattattattggtgcattcatcttgattattttttattttttgggagattgcagGGATATGGATCCTTTTTATTGCGAGATTTACCTTTTGATGCTCTCCAGTTTTGCATCTATGAGCAGCTACGGATAGGGTATAAGCTAGCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagatgaacagacaacaaaagctccatgtaatgtaatatgttcctaaacatgcagGGTTATGGATCCTTCTTATTGCGAGATTTGCCTTTTGACGCGCTCCAGTTTTGTGTTTATGAGCAATTACGAATTGGATACAAGTTGGCT
                                         tcctaaa  putative branch site (score: 2)
                         atgtaatgtaatat  TA-rich tract