1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtcagaattcttcagttacattacttgtttaaagtctggttataatgtgatgtagcagaatattaatcacgtatttttgaattacagGTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGAATGGAAGACAAAAGAAGTCTTGCATCTTCTGAAGAACGAGCTCGAATCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G65470.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGCTTTCGGATTCGATAACAATACTCGTCTCTATCTTGCATCCCACAAG GTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGAEST: gi|86088253|gb|DR384012.1|DR384012
genomic: CTGCTTTCGGATTCGATAACAATACTCGTCTCTATCTTGCATCCCACAAGgtcagaattc ... tgaattacagGTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGA
EST: CTGCTTTCGGATTCGATAACAATACTCGTCTCTATCTTGCATCCCACAAG GTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGAEST: gi|125165604|gb|EL191814.1|EL191814
genomic: CTGCTTTCGGATTCGATAACAATACTCGTCTCTATCTTGCATCCCACAAGgtcagaattc ... tgaattacagGTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGA
EST: CTGCTTTCGGATTCGATAACAATACTCGTCTCTATCTTGCATCCCACAAG GTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACA
genomic: CTGCTTTCGGATTCGATAACAATACTCGTCTCTATCTTGCATCCCACAAGgtcagaattc ... tgaattacagGTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACA
agtctggttataatgtgatgtagcagaatattaatcacgtatttttgaattacagGTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGAATGGAAGACAAAAGAAGTCTTGCATCTTCTGAAGAACGAGCTCGAATCA
tattaat putative branch site (score: 2)
tattttt putative PPT
tatttttgaattaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtcagaattcttcagttacattacttgtttaaagtctggttataatgtgatgtagcagaatattaatcacgtatttttgaattacagGTGTATGGAGGAGAAGCTAGAATCTCAACATTAAGACAAGTATTCCCAAGAATGGAAGACAAAAGAAGTCTTGCATCTTCTGAAGAACGAGCTCGAATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC