1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgaacttttgctaaagattgttgtttctgctcagcttatcagtttctcataaactaatcactaatgttggaagacatgtttcagaagcctttttgttgtttgaagaaagatgttctgtgtgtttatgttctctaatattgttgtggtattgcagGCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAGCTGCGTGGGCAATATCAAATGCCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G16143.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGCTGGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAG GCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATEST: gi|47832136|gb|CK121820.1|CK121820
genomic: CTTGCTGGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAGgtgaactttt ... ggtattgcagGCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAAT
EST: CTTGCTGGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAG GCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAAT
genomic: CTTGCTGGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAGgtgaactttt ... ggtattgcagGCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAAT
ttgaagaaagatgttctgtgtgtttatgttctctaatattgttgtggtattgcagGCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAGCTGCGTGGGCAATATCAAATGCCA
ctctaat putative branch site (score: 3)
taatattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaacttttgctaaagattgttgtttctgctcagcttatcagtttctcataaactaatcactaatgttggaagacatgtttcagaagcctttttgttgtttgaagaaagatgttctgtgtgtttatgttctctaatattgttgtggtattgcagGCTGTGTGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAGCTGCGTGGGCAATATCAAATGCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC