Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtggttttgttcagaaaactgtgtttgtctaacaaagttgaaaatcacatacaatctggaactcacctgcagGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTCTATCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G47510.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116480251|gb|EG522843.1|EG522843
EST:     ATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTCTATCAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaagtggtt ... tcacctgcagGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTCTATCAG
EST: gi|116457541|gb|EG500133.1|EG500133
EST:     ATGCTACACCTTTGACACTAG-ACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTAAGTATGGACTAAATAGAGTC
genomic: ATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaagtggtt ... tcacctgcagGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTC
EST: gi|124964696|gb|EL038940.1|EL038940
EST:     ATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTAAGTATGGACTAAAATAGAGTCA
genomic: ATGCTACACCTTTGACACTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaagtggtt ... tcacctgcagGTTAAGTATGGACTAAA-TAGAGTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actgtgtttgtctaacaaagttgaaaatcacatacaatctggaactcacctgcagGTTAAGTATGGACTAAATAGAGTCACCTGCACTCTTCCTCGCCTCTATCAG
                                          aactcac  putative branch site (score: 2)
                                            ctcacct  CT-rich tract
                    ttgaaaat  TA-rich tract