Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtattgttttgggggtactcaacttaatttacacagttaccatatgttcatgctttgcgggcactttatatgtagGTATGCCTATCAAATCGTCTTACAGACTAGGCAAATCTTGCTAGCACTGCCTTCTCTTGTTGATATAAGTGTTCCACATGGCAAACATATCACTGTTTGC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G42810.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164014368|gb|ES143538.1|ES143538
EST:     AAAACATTGCATAAACG                         GTATGCCTATCAAATCGTCTTACAGACTAGGCAAATCTTGCTAGCAACTGC
genomic: AAAACATTGCATAAACGgtatgtattg ... ttatatgtagGTATGCCTATCAAATCGTCTTACAGACTAGGCAAATCTTGCTAGCA-CTGC
EST: gi|164039481|gb|ES174791.1|ES174791
EST:     GTGAAAACGATGATGGAGGATTTTAAGAACCAAAAAACATTGCATAAACG                         GTATGCCTATCAAATCG
genomic: GTGAAAACGATGATGGAGGATTTTAAGAACCAAAAAACATTGCATAAACGgtatgtattg ... ttatatgtagGTATGCCTATCAAATCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aacttaatttacacagttaccatatgttcatgctttgcgggcactttatatgtagGTATGCCTATCAAATCGTCTTACAGACTAGGCAAATCTTGCTAGCACTGCCTTCTCTTGTTGATATAAGTGTTCCACATGGCAAACATATCACTGTTTGC
 acttaat  putative branch site (score: 4)
                                            tttatatgta  TA-rich tract