Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtaaaaatgcctcaaaagtacacaccataccaaattgattctgatttgttcttagtcaatttttcagtaatctcattgttacatatttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTTGGTGACATTGTCATTCCGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G03120.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116442939|gb|EG485531.1|EG485531
EST:     TTACTCCAGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAG                         CTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTT
genomic: TTACTCCAGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAGgttagtaaaa ... tttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTT
EST: gi|164120555|gb|ES111003.1|ES111003
EST:     TGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAG                         CTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTT
genomic: TGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAGgttagtaaaa ... tttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTT
EST: gi|164043155|gb|ES135725.1|ES135725
EST:     TTACTCCAGTTATGGTTAGTATTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAG                         CTCTTATTCCCTA-GGGTGATGC
genomic: TTACTCCAGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAGgttagtaaaa ... tttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGC
EST: gi|124869386|gb|EH953823.1|EH953823
EST:     TTACTCCAGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAG                         CTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCC
genomic: TTACTCCAGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAGgttagtaaaa ... tttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCC
EST: gi|124918985|gb|EH992774.1|EH992774
EST:     GTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAG                         CTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTT
genomic: GTTAGTGTTGCCAAATCCTTCGATGCTCCAATTAAGgttagtaaaa ... tttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgatttgttcttagtcaatttttcagtaatctcattgttacatatttctttcagCTCTTATTCCCTACGGGTGATGCTCTAAGACCCTATTCTATGCTTGGTCTTGGTGACATTGTCATTCCGG
 ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                           tatttctttc  putative PPT
                 aatttttcagtaat  TA-rich tract