Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatttgagcgcattcattcttcattgctttatatatcgttaaggaaacaagtactaatccatagattgtttcagGATCCTGGCAAGTTTGTATTCCGGAACTCTGTGCATCTGGAATTACCAGACCCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G79990.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G79990.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv09s0002g04810.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
---------gtaatttgagcgcattcattcttcattgctttatatatcgttaa----ggaaac-------aagtactaatccata-gattgtttc---agGATCCTGGCAAGTTTGTATTCCGGAACTCTGTGCATCTGGAATTACCAGACCCAG
          | || | |   | |  ||| || |         | || |   |    || ||        || ||  | ||  |  | |||||||   |||||  | ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| | |||
cttatttaatttatctaataccgtctattttttaacttggagcaaattgcagaaagtggtaatttttctgaaatatgactcattgtgcttgtttctgcagGATTTTAGCAAGTTTGTACTCTGGAACTGTGTGCATCTGGAACTACCAGTCACAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcattgctttatatatcgttaaggaaacaagtactaatccatagattgtttcagGATCCTGGCAAGTTTGTATTCCGGAACTCTGTGCATCTGGAATTACCAGACCCAG
                                tactaat  putative branch site (score: 1)
                                              ttgtttc  putative PPT
        tttatatatcgttaa  TA-rich tract