1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaaaccatgcatatgatgacactttatattgtgcaggaagaaatcatatttcaggataatgttttaacagaggagtgggattaatattatgcagGTGGGTGACCCTGTTGAAGTGCGTTACAAGGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGATCAGCTTGGCTACTGTATTAACAGCTACAGAGAGGCAGCTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G79920.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATGAGACCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAGAAEST: gi|124757724|gb|EH847854.1|EH847854
genomic: GATGAGACCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAGAA
EST: AGATGAGACCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAAAGAA
genomic: AGATGAGACCAAAGGTGTTTATGTTGCAAAGCTCGAGGAGCTCAA-GAA
gaaatcatatttcaggataatgttttaacagaggagtgggattaatattatgcagGTGGGTGACCCTGTTGAAGTGCGTTACAAGGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGATCAGCTTGGCTACTGTATTAACAGCTACAGAGAGGCAGCTG
ataatgttttaaca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaccatgcatatgatgacactttatattgtgcaggaagaaatcatatttcaggataatgttttaacagaggagtgggattaatattatgcagGTGGGTGACCCTGTTGAAGTGCGTTACAAGGAGTCGTTGGAAAGAGGGTCGGTCATTGATCAGCTTGGCTACTGTATTAACAGCTACAGAGAGGCAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG