1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...gccatgttgagaagttttataactgataatgcaatgtggaaatttttgtgtttctgctttcttttcccagcgttaatggaaattttttgtggtattgcagGTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G54100.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: TGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTG GTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTGEST: gi|116420806|gb|EG463398.1|EG463398
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EST: TGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTG GTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTGEST: gi|116486590|gb|EG529182.1|EG529182
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EST: TGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTG GTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTGEST: gi|116486594|gb|EG529186.1|EG529186
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genomic: TGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTGgtaagtcttc ... ggtattgcagGTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
EST: GGCATTGTTGGTGTTATCACAGCCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTG GTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTGEST: gi|116486591|gb|EG529183.1|EG529183
genomic: GGCATTGTTGGTGTTATCACAGC-GTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTGgtaagtcttc ... ggtattgcagGTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
EST: TGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTG GTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
genomic: TGGCATTGTTGGTGTTATCACAGCGTTTAATTTTCCCTGTGCAGTTCTTGgtaagtcttc ... ggtattgcagGTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
ttgtgtttctgctttcttttcccagcgttaatggaaattttttgtggtattgcagGTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
cgttaat putative branch site (score: 4)
ttaatggaaatttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gccatgttgagaagttttataactgataatgcaatgtggaaatttttgtgtttctgctttcttttcccagcgttaatggaaattttttgtggtattgcagGTTGGAATGCTTGTATTGCTCTTGTCTGTGGAAACTGTGTAGTCTG
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