Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtggagaaactcatctgagttgtcgtacttcaattgttattgttatgaaagctattacatctataaatgtgatgattctgatggcttttctttcatagttttttgttttctgtattctttatgttatccacatttcaatgcacttgatatggttctaattaatctcttgtaatacatcagGTACGAGTTATATGTAGGTCAGCCTCCCTTCTACACCAATTCTGTGTATGCTCTCATTCGTCACATTGTTAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G50240.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G50240.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
lower sequence: GLYMA20G16860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtaggtggagaaactcatctgagttgtcgtacttcaattgttattgttatgaaagctattacatctataaatgtgatgattctgatggcttttctttcatagttttttgtt-ttctgtattctttatgttatccacatttcaatgcacttgatatggttctaattaatctcttgtaatacatcagGTACGAGTTATATGTAGGTCAGCCTCCCTTCTACACCAATTCTGTGTATGCTCTCATTCGTCACATTGTTAAG
                                                                              ||  |  ||  |||| ||  | |    ||| |    ||   ||   | || ||  || |  |||     ||| |  |    |  |||  | || ||   || | |||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||
------------------------------------------------------------------------------atggtagtgtgttttgttgaacaacactttctgaccctcagtttgctttgctagtcataagtcac----cttaagttaaagcctatt--tttcatgct-tataacagGTATGAGTTATTTGTAGGCCAACCTCCATTCTACACAAATTCTGTGTATGCTCTCATCAGACACATTGTTAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atccacatttcaatgcacttgatatggttctaattaatctcttgtaatacatcagGTACGAGTTATATGTAGGTCAGCCTCCCTTCTACACCAATTCTGTGTATGCTCTCATTCGTCACATTGTTAAG
                           ttctaattaat  TA-rich tract