Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatagttatattaccatatgctcaattctttcttttctaggggcacagtcacacagaggcctctccatgagatcatcttaaccggatacaaactacgtgatcactatgaaaaatggttttaatcctcactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTCATCGATTCCGGAAAGCTATCAAAGCAAACACCTGCTTCTGATGGTTTAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G19660.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124755925|gb|EH846055.1|EH846055
EST:     GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAACAAG
genomic: GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAG
EST: gi|116471465|gb|EG514057.1|EG514057
EST:     GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
genomic: GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
EST: gi|86081874|gb|DR377633.1|DR377633
EST:     TAATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCGACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
genomic: TAATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
EST: gi|86080886|gb|DR376643.1|DR376643
EST:     GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCGATTAATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
genomic: GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
EST: gi|86085098|gb|DR380857.1|DR380857
EST:     ATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGT
genomic: ATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTC-AACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGT
EST: gi|164230296|gb|ES015835.1|ES015835
EST:     GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGG
genomic: GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGG
EST: gi|152034732|gb|BP835572.2|BP835572
EST:     GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAAAAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
genomic: GCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
EST: gi|125237384|gb|EL251469.1|EL251469
EST:     TATAGCTGTTAGATGCAAG                         GTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC
genomic: TATAGCTGTTAGATGCAAGgtatagttat ... cactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccggatacaaactacgtgatcactatgaaaaatggttttaatcctcactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTCATCGATTCCGGAAAGCTATCAAAGCAAACACCTGCTTCTGATGGTTTAT
                                         tcctcac  putative branch site (score: 2)
                                         tcctcactcttt  CT-rich tract
                           aaaaatggttttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatagttatattaccatatgctcaattctttcttttctaggggcacagtcacacagaggcctctccatgagatcatcttaaccggatacaaactacgtgatcactatgaaaaatggttttaatcctcactctttagGTACCTATTCAAGTCAACAAGTATCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTCATCGATTCCGGAAAGCTATCAAAGCAAACACCTGCTTCTGATGGTTTAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA