Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaatctcttaacaatctacttcttgtgttgaccttacaaacctggggctttataggcaatttctcttaattttctatttccatgattttttgtcaacatatttccagGATCTAATTGGATTAAACAGTGATGAACTTACGGAGTTCATGCCATCAGTTGGACAGAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G16970.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125005605|gb|EL077874.1|EL077874
EST:     TACCACTCAGTCAACCTGATAAGCAATTCAATATAACTCTCTTCTACAAG                         GATCTAATTGGATTAAACAGTGATGAACTTACGGAGTTCATGCCAT
genomic: TACCACTCAGTCAACCTGATAAGCAATTCAATATAACTCTCTTCTACAAGgttaatctct ... atatttccagGATCTAATTGGATTAAACAGTGATGAACTTACGGAGTTCATGCCAT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggcaatttctcttaattttctatttccatgattttttgtcaacatatttccagGATCTAATTGGATTAAACAGTGATGAACTTACGGAGTTCATGCCATCAGTTGGACAGAA
           tcttaat  putative branch site (score: 3)
                                              tatttcc  putative PPT
     aatttctcttaatttt  TA-rich tract