Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttctaatttgtattacttctctgaaataattttgctttagcaaatttgtacccattgtatatcctgtttctaattttggttactgtctcttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAAGGGTCCACAATTGTATCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G16470.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86030200|gb|DR325953.1|DR325953
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTC-TTGCTGGTGGCTGGATATGATGACA
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACA
EST: gi|86030188|gb|DR325941.1|DR325941
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGAC
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGAC
EST: gi|86030201|gb|DR325954.1|DR325954
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTC-TTGCTGGTGGSCTGGATATGATGACA
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGG-CTGGATATGATGACA
EST: gi|86030207|gb|DR325960.1|DR325960
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTG
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTG
EST: gi|86030206|gb|DR325959.1|DR325959
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTG
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTG
EST: gi|164149930|gb|ES050414.1|ES050414
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTTGGGGTTTCC
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCC
EST: gi|86030193|gb|DR325946.1|DR325946
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTYTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATG
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATG
EST: gi|86030184|gb|DR325937.1|DR325937
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCT
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCT
EST: gi|164168399|gb|ES021446.1|ES021446
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCC
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCC
EST: gi|86075658|gb|DR371415.1|DR371415
EST:     CGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA
genomic: CGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA
EST: gi|86030177|gb|DR325930.1|DR325930
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATG
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATG
EST: gi|86030203|gb|DR325956.1|DR325956
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCCTTTCG
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCC-TTTCG
EST: gi|86030209|gb|DR325962.1|DR325962
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA
EST: gi|86082335|gb|DR378094.1|DR378094
EST:     ACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA
genomic: ACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA
EST: gi|86030210|gb|DR325963.1|DR325963
EST:     CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGG                         AGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTC-TTGCTGGTGGCTGGATATGATGACA-
genomic: CAACTTGTAAGGGAAACCGCTACTGTTATGCAAGAGTTTACTCAATCGGGgtgagtgcta ... ttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtacccattgtatatcctgtttctaattttggttactgtctcttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAAGGGTCCACAATTGTATCAG
                       ttctaat  putative branch site (score: 2)
                                         tctcttgttt  putative PPT
                      tttctaatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttctaatttgtattacttctctgaaataattttgctttagcaaatttgtacccattgtatatcctgtttctaattttggttactgtctcttgtttatagAGGTGTTAGGCCTTTCGGGGTTTCCTTGCTGGTGGCTGGATATGATGACAAGGGTCCACAATTGTATCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - cttctct
- - - - - - - - - - - -gaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attttgg