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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtaaaaaagaaacatcttatcagacggaattatatcatctgacactccatctctagttaacattgtgtatttactttataatctccatccagGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTCAAGTATCCTCCTTATCCTTTGAACACGATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATATTTCCGTCTGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G63920.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G63920.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G16200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtgagtaaaaaagaaacatcttatcagacggaattatatcatctgacactccatctctagttaacattgtgtatttactttataatctccatccagGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTCAAGTATCCTCCTTATCCTTTGAACACGATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATATTTCCGTCTGA--------------------
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---------------cctgattctcaatgcttatgattgaatat-atgttgaatttaaagt-aatttcttttattattatattaattacctttcaggtcacaaacattagacaacagGAGAAGCCG---AAATATCCTCCATTTCCTTTAAATACTATTGAGCTTCAAAAACGTGCTTCAAGATACTTCCGGATGAGTTCTGATCACACAATGAAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctgacactccatctctagttaacattgtgtatttactttataatctccatccagGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTCAAGTATCCTCCTTATCCTTTGAACACGATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATATTTCCGTCTGA
                 agttaac  putative branch site (score: 3)
                                            tctccatcc  putative PPT
                        attgtgtatttacttt  TA-rich tract