Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaattatttgttctgttttctatccttatataacaaaagtgaaaattacatgtcattaagaaataacttataaatttttggatttcatgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G50950.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125184030|gb|EL198984.1|EL198984
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAG
EST: gi|125070433|gb|EL135844.1|EL135844
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCA
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCA
EST: gi|116422670|gb|EG465262.1|EG465262
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
EST: gi|125311122|gb|EL325207.1|EL325207
EST:     CAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: CAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
EST: gi|116467405|gb|EG509997.1|EG509997
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
EST: gi|116443356|gb|EG485948.1|EG485948
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
EST: gi|116456305|gb|EG498897.1|EG498897
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
EST: gi|125087477|gb|EL146591.1|EL146591
EST:     CTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: CTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
EST: gi|116428316|gb|EG470908.1|EG470908
EST:     ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAA                         GTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
genomic: ATGCTACACCTTTGACATTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAgtaaattatt ... atgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaattacatgtcattaagaaataacttataaatttttggatttcatgattgtagGTTGAGTATGGACTTAATAGAGTCGCATGTACTCTACCCCGCATCTATCAG
                   aaataac  putative branch site (score: 2)
             attaagaaataactta  TA-rich tract