Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgtcttaatcttgagtttgtacacatatgatgttcatgcacttgtttgattttgtcctggtatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTTATATGTACCTGACTGGGAGTATCAGATTTTAAAAGAAGACCAAGGATCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G47900.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116435426|gb|EG478018.1|EG478018
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
EST: gi|116435445|gb|EG478037.1|EG478037
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
EST: gi|116435425|gb|EG478017.1|EG478017
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
EST: gi|116435431|gb|EG478023.1|EG478023
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
EST: gi|116435429|gb|EG478021.1|EG478021
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
EST: gi|116435479|gb|EG478071.1|EG478071
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
EST: gi|116435436|gb|EG478028.1|EG478028
EST:     CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTG                         GGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT
genomic: CATAATGTTAGCTCAGAGTTATCTATGATCAAGAAATATAGATTTCATTGgtaagtgtct ... tatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtacacatatgatgttcatgcacttgtttgattttgtcctggtatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTTATATGTACCTGACTGGGAGTATCAGATTTTAAAAGAAGACCAAGGATCA
                            gtttgat  putative branch site (score: 5)
                             tttgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtgtcttaatcttgagtttgtacacatatgatgttcatgcacttgtttgattttgtcctggtatttgacagGGTGGTTGCTTTTGTTATCACAACTATATATTTGTCCTTGTTATATGGTTTATATGTACCTGACTGGGAGTATCAGATTTTAAAAGAAGACCAAGGATCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG