Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtttattgactgatgaggtttactttgtgatctattatgttcatttcatgattcgatgaagctttgtttagGTTGGTTCTGGAGTTGGTATGGTCGGGATTTGCCTTGCACATGTAAAGGCCAAAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G27410.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19874545|gb|AU235376.1|AU235376
EST:     AATTTGTTTTGTCATTTCCAGAGTTATTCGCCAATAAAGCCTGTTTTGAG                         GTTGGTTCTGGAGTTGGTATGGTCGGGATT-GCCTTGCACATGTAAAGGCC
genomic: AATTTGTTTTGTCATTTCCAGAGTTATTCGCCAATAAAGCCTGTTTTGAGgttagtttat ... ctttgtttagGTTGGTTCTGGAGTTGGTATGGTCGGGATTTGCCTTGCACATGTAAAGGCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtttactttgtgatctattatgttcatttcatgattcgatgaagctttgtttagGTTGGTTCTGGAGTTGGTATGGTCGGGATTTGCCTTGCACATGTAAAGGCCAAAGAG
                                             ctttgttt  CT-rich tract
                tattatgttcattt  TA-rich tract