1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtgatctgtcaaatagccttcttttctaatctctggatgccttaacactatatgactgagattgtaacaactgtagaccctttcagATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGTCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAAGAAAAGGAAACTGATGAGCAGATGCAAGAAGCAGCCATTCAGAAGTCAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G38270.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCAGTTTCCAAACGTGGATTTTGCAAGCCCAGCAAAACTGAAGCGGCAG ATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGTCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAAEST: gi|86065297|gb|DR361054.1|DR361054
genomic: ATCAGTTTCCAAACGTGGATTTTGCAAGCCCAGCAAAACTGAAGCGGCAGgtgatctgtc ... accctttcagATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGTCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAA
EST: ATCAGTTTCCAAACGTGGATTTTGCAAGCCCAGCAAAACTGAAGCGNCAG ATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGNCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAA
genomic: ATCAGTTTCCAAACGTGGATTTTGCAAGCCCAGCAAAACTGAAGCGGCAGgtgatctgtc ... accctttcagATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGTCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAA
tctggatgccttaacactatatgactgagattgtaacaactgtagaccctttcagATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGTCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAAGAAAAGGAAACTGATGAGCAGATGCAAGAAGCAGCCATTCAGAAGTCAA
ttgtaac putative branch site (score: 2)
ccctttc putative PPT
actatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgatctgtcaaatagccttcttttctaatctctggatgccttaacactatatgactgagattgtaacaactgtagaccctttcagATTTTACGTCAGGAAAGGAGAGGTCAACGAACTTTAGAGCTGATCCGACAAGAAAAGGAAACTGATGAGCAGATGCAAGAAGCAGCCATTCAGAAGTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT