Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaatcccccatccaaagtgccattcttataagtttcgatcaaaacccaattttaacctattgtcctgatatatcgtactttgcttggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G23470.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125015062|gb|EL087331.1|EL087331
EST:     AAGCTTCTCAGGTACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: AAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|116434599|gb|EG477191.1|EG477191
EST:     TCAGAAGCTTTTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|124733258|gb|EH824660.1|EH824660
EST:     CAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTA
genomic: CAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTA
EST: gi|125304293|gb|EL318378.1|EL318378
EST:     TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|301501098|gb|HO206638.1|HO206638
EST:     TCAAAAGCTTCTCAAATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|124720550|gb|EH811952.1|EH811952
EST:     AAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: AAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|125134662|gb|EL175419.1|EL175419
EST:     TGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|124993508|gb|EL065777.1|EL065777
EST:     CTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: CTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|125044209|gb|EL116478.1|EL116478
EST:     TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGC
genomic: TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGC
EST: gi|86038882|gb|DR334637.1|DR334637
EST:     TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|124929398|gb|EL006946.1|EL006946
EST:     TCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
EST: gi|116434598|gb|EG477190.1|EG477190
EST:     TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCAC                         GGTTTGCGCATGTATGCAG
genomic: TCAGAAGCTTCTCAGATACTCACATGTTGCTCTGACATGGTGTACTGCACgtaagaatcc ... tggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaaacccaattttaacctattgtcctgatatatcgtactttgcttggtctgcagGGTTTGCGCATGTATGCAG
                                      ctttgctt  CT-rich tract
        aattttaacctatt  TA-rich tract