1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatataatatatccgactctcgagtaacatcactagtatttcaaattaaaaacatcatatgaaagcttaaactattggaatcagGTGATACGCCTATGGTCAATGTTTATGACATTAGTACATGGAAGAAGCTTGGGTTCAAGAAGCTGTCAAGGAAGACTGCATCGACAATGGCAGTGAGCTT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G52190.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTCTCTAAAGACGGAACAAAACCTTTTTTGTTTTGTGCTGCTCAAAGAG GTGATACGCCTATGGTCAATEST: gi|164120903|gb|EL969278.1|EL969278
genomic: TTTCTCTAAAGACGGAACAAAACCTTTTTTGTTTTGTGCTGCTCAAAGAGgtatataata ... ttggaatcagGTGATACGCCTATGGTCAAT
EST: TTTCTCTAAAGACGGAACAAAACCTTTTTTGTTTTGTGCTGCTCAAAGAG GTGATACGCCTATGGTCAATGTTTATGACATTAGTACATGGAAGAAGCTT
genomic: TTTCTCTAAAGACGGAACAAAACCTTTTTTGTTTTGTGCTGCTCAAAGAGgtatataata ... ttggaatcagGTGATACGCCTATGGTCAATGTTTATGACATTAGTACATGGAAGAAGCTT
tcactagtatttcaaattaaaaacatcatatgaaagcttaaactattggaatcagGTGATACGCCTATGGTCAATGTTTATGACATTAGTACATGGAAGAAGCTTGGGTTCAAGAAGCTGTCAAGGAAGACTGCATCGACAATGGCAGTGAGCTT
tatttcaaattaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatataatatatccgactctcgagtaacatcactagtatttcaaattaaaaacatcatatgaaagcttaaactattggaatcagGTGATACGCCTATGGTCAATGTTTATGACATTAGTACATGGAAGAAGCTTGGGTTCAAGAAGCTGTCAAGGAAGACTGCATCGACAATGGCAGTGAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT