Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacattacaaaagctttcatcatgtctcgtctcctctgaacagattttacattcctccaagttatagctaaaaatacgattctatgtatttataactatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAGTTGGACCCTAATCTAACATCCCTCGTGGGCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G23070.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164038677|gb|ES207984.1|ES207984
EST:     CTTTTATGGCCATGACAACTATGATCTAATTGGTCAAAATTGCGTAAG                         GTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGA
genomic: CTTTTATGGCCATGACAACTATGATC-AATTGGTCAAAATTGCG-AAGgtaacattac ... actatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGA
EST: gi|86088019|gb|DR383778.1|DR383778
EST:     CGTTCTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAG                         GTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
genomic: CGTTCTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAGgtaacattac ... actatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
EST: gi|164016771|gb|ES213025.1|ES213025
EST:     CTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAG                         GTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
genomic: CTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAGgtaacattac ... actatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
EST: gi|47831931|gb|CK121615.1|CK121615
EST:     CGTTCTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAG                         GTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
genomic: CGTTCTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAGgtaacattac ... actatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
EST: gi|125229340|gb|EL243425.1|EL243425
EST:     TTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAA-TGCGAAG                         GTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG
genomic: TTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAGgtaacattac ... actatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcctccaagttatagctaaaaatacgattctatgtatttataactatggcagGTGCTTGGCACAGATGAACTCAACGCCTACCTAAACAAATACCGTATAGAGTTGGACCCTAATCTAACATCCCTCGTGGGCAG
                                        ttataac  putative branch site (score: 2)
                   taaaaatacgattcta  TA-rich tract