Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtaaaacagtaagatgcttggttttgatcacatgcaagatcttataagtccttggatttgtaacatgagctgaaatcttttcacaatatatgcgcgcttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G67325.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116475626|gb|EG518218.1|EG518218
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
EST: gi|116485681|gb|EG528273.1|EG528273
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
EST: gi|125279381|gb|EL293466.1|EL293466
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATG
EST: gi|116485680|gb|EG528272.1|EG528272
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
EST: gi|116475625|gb|EG518217.1|EG518217
EST:     ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG                         ATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
genomic: ACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATGgtatgtaaaa ... ttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggatttgtaacatgagctgaaatcttttcacaatatatgcgcgcttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG
     ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                          cgcttcttt  putative PPT
                         ttttcacaatatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtaaaacagtaagatgcttggttttgatcacatgcaagatcttataagtccttggatttgtaacatgagctgaaatcttttcacaatatatgcgcgcttctttgcagATGCCAAGACCAAGGTTTTACCCAGATGAAAAATCACAAAAGAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA