Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttcatgaacctattcgtaattctttttaagctgtgatcttttgttagataatgtggtgtgtaactgtctatgttggattgaatcataatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTATATTCAGTTTCCCAAGTTTTTGTAGACTGTTGTTTTGACT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G30230.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164162998|gb|ES188020.1|ES188020
EST:     ACAAGATATG-AG                         GATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
genomic: ACAAGATATGTAAgtttcatgaa ... aatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
EST: gi|116453708|gb|EG496300.1|EG496300
EST:     AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATGGG-                         GATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
genomic: AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATGTAAgtttcatgaa ... aatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
EST: gi|116453709|gb|EG496301.1|EG496301
EST:     AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATGGG-                         GATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
genomic: AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATGTAAgtttcatgaa ... aatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
EST: gi|86085521|gb|DR381280.1|DR381280
EST:     AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATG-AG                         GATGGA-AAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
genomic: AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATGTAAgtttcatgaa ... aatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
EST: gi|164064194|gb|ES143261.1|ES143261
EST:     CAACAAGATATG-AG                         GATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
genomic: CAACAAGATATGTAAgtttcatgaa ... aatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTT
EST: gi|116416034|gb|EG458626.1|EG458626
EST:     AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATG-AG                         GATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTC
genomic: AATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATGTAAgtttcatgaa ... aatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttagataatgtggtgtgtaactgtctatgttggattgaatcataatgcaggagGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTATATTCAGTTTCCCAAGTTTTTGTAGACTGTTGTTTTGACT
                gtgtaac  putative branch site (score: 3)
                                       aatcataat  TA-rich tract