Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtttcatgaacctattcgtaattctttttaagctgtgatcttttgttagataatgtggtgtgtaactgtctatgttggattgaatcataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTATATTCAGTTTCCCAAGTTTTTGTAGACTGTTGTTTTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G30230.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116453709|gb|EG496301.1|EG496301
EST:     GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GGGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: gi|124723824|gb|EH815226.1|EH815226
EST:     CAACAAGATAT                         GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
genomic: CAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: gi|164044346|gb|ES117797.1|ES117797
EST:     GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAA
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAA
EST: gi|164129232|gb|ES092881.1|ES092881
EST:     ATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGG
genomic: ATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGG
EST: gi|125278706|gb|EL292791.1|EL292791
EST:     GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCA
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCA
EST: gi|116453708|gb|EG496300.1|EG496300
EST:     GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GGGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: gi|86085521|gb|DR381280.1|DR381280
EST:     GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GAGGATGGA-AAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: gi|164064194|gb|ES143261.1|ES143261
EST:     CAACAAGATAT                         GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
genomic: CAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTT
EST: gi|116416034|gb|EG458626.1|EG458626
EST:     GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATAT                         GAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTC
genomic: GATCAATGAATATGTCCAGAGCTGTGACATTGTTGCCTTCAACAAGATATgtaagtttca ... cataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttgttagataatgtggtgtgtaactgtctatgttggattgaatcataatgcagGAGGATGGAGAAAGCTTCAAGGAATGTCTGTGTTCATGTGGTCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTATATTCAGTTTCCCAAGTTTTTGTAGACTGTTGTTTTG
                   gtgtaac  putative branch site (score: 3)
     ttagataat  TA-rich tract