1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaaagtaaatgattatctttttgattttgaccaaaatgtattaaaatctaacatctttgcaatcgttggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGCTCTACCAAGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G20020.3 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCATTGEST: gi|86065482|gb|DR361239.1|DR361239
genomic: TCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACSAACCACTAGCTCATTGEST: gi|124757280|gb|EH847410.1|EH847410
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: GTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|125242560|gb|EL256645.1|EL256645
genomic: GTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGEST: gi|125160285|gb|EL187954.1|EL187954
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGG
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|125193622|gb|EL208576.1|EL208576
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: ATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|116472061|gb|EG514653.1|EG514653
genomic: ATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|163974241|gb|ES169483.1|ES169483
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: AGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCATTGEST: gi|125264174|gb|EL278259.1|EL278259
genomic: AGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: AGAAACATGATGACTACAAG TTCTAATGGCTTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTEST: gi|125049515|gb|EL121784.1|EL121784
genomic: AGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTC-AATGGC-TTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTT
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGEST: gi|86081707|gb|DR377464.1|DR377464
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGG
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCATTGEST: gi|124732290|gb|EH823692.1|EH823692
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: TTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|124803896|gb|EH892017.1|EH892017
genomic: TTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTEST: gi|124979744|gb|EL052749.1|EL052749
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGT
EST: GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAEST: gi|125225182|gb|EL239267.1|EL239267
genomic: GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTA
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTEST: gi|124992147|gb|EL064416.1|EL064416
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTT
EST: GGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACTATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|124877315|gb|EH956752.1|EH956752
genomic: GGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAAC-ATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: CTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGEST: gi|124824400|gb|EH909266.1|EH909266
genomic: CTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
EST: GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGEST: gi|124808385|gb|EH894545.1|EH894545
genomic: GTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAG
EST: CAGGTTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCGTTGGGTEST: gi|124712704|gb|EH804106.1|EH804106
genomic: CAGG-TCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTC-TTGGGT
EST: AGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTEST: gi|124869249|gb|EH953686.1|EH953686
genomic: AGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTT
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAEST: gi|125262586|gb|EL276671.1|EL276671
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTA
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCEST: gi|124756931|gb|EH847061.1|EH847061
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGC
EST: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGEST: gi|125318870|gb|EL332955.1|EL332955
genomic: TCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAG
EST: TCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG TTCAATGGCTTAGCTTG-TTGTTCTTGG-TGTACCAACCACTAGCTCTTTG
genomic: TCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGgtaaagtaaa ... tggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTG
tgattttgaccaaaatgtattaaaatctaacatctttgcaatcgttggaatgcagTTCAATGGCTTAGCTTGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGCTCTTTGCTCTACCAAGAG
atctaac putative branch site (score: 2)
aaaatgtattaaaatc TA-rich tract