Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagatttttttttcttcattattctgaataagaagaattcgatgtgtttatctaaactattactctgattgcagTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTCGGATACCATTTGCTTCACTATTTGATACTCTCGGCAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G04200.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164189852|gb|ES044111.1|ES044111
EST:     GGCTCTAGCAAATGCTAGAGATGTTGAAT                         TTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTC
genomic: GGCTCTAGCAAATGCTAGAGATGTTGAATgtgagatttt ... ctgattgcagTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTC
EST: gi|86088183|gb|DR383942.1|DR383942
EST:     CTCTGACAATACTTTTAGCAAGGCTCTAGCAAATGCTAGAGATGTTGAAT                         TTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTC
genomic: CTCTGACAATACTTTTAGCAAGGCTCTAGCAAATGCTAGAGATGTTGAATgtgagatttt ... ctgattgcagTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattctgaataagaagaattcgatgtgtttatctaaactattactctgattgcagTTGACCGCTCAGATGTGGAGGGAAATGCCCACCCTGCTGGTCCACATGTTCGGATACCATTTGCTTCACTATTTGATACTCTCGGCAT
                                        ttactct  CT-rich tract
                           tttatctaaactatta  TA-rich tract