Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcttgttttctcatctacttggattgaactttttggactcatgaggtttgaaaaagctgtagagattggtgtattttggttgcaagactttttttatttgatccttaaaacttttctctataacagGTGCCTGGAACTTATGGCTACATGCTACCACCTATCCAGACTCAACATGCATTTCACAATGTGATTTCACCTAACCAAGGTAACGGCAGGGCATTGCAGG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G03457.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124897078|gb|EH973292.1|EH973292
EST:     TTCCTCCTTACAATGGATATGGCTATCAT                         GTGCCTGGAACTTATGGCTACATGCTACCACCTATCCAGACTCAACATGCA
genomic: TTCCTCCTTACAATGGATATGGCTATCATgtaagttctt ... tctataacagGTGCCTGGAACTTATGGCTACATGCTACCACCTATCCAGACTCAACATGCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttggttgcaagactttttttatttgatccttaaaacttttctctataacagGTGCCTGGAACTTATGGCTACATGCTACCACCTATCCAGACTCAACATGCATTTCACAATGTGATTTCACCTAACCAAGGTAACGGCAGGGCATTGCAGG
                        atttgat  putative branch site (score: 5)
                                       cttttctctat  putative PPT
                 tttttttatttgatcc  TA-rich tract