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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggcgagttcttgttcattaaattaaacctttgttttataggtcactaaagtggctcctctctatgcatagATCCATCAAGATTCAGACTCACTCATGAGACGTCCTTTGTTAGACAACATTCCAGTTTCTGGACAAAAATCCCCTTCTTCTTTTATGCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G65970.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attaaattaaacctttgttttataggtcactaaagtggctcctctctatgcatagATCCATCAAGATTCAGACTCACTCATGAGACGTCCTTTGTTAGACAACATTCCAGTTTCTGGACAAAAATCCCCTTCTTCTTTTATGCT
                           cactaaa  putative branch site (score: 2)
                                      ctcctctctat  putative PPT
             tttgttttata  TA-rich tract