Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcattttcttcattggtgacatttatttccacacaaaaggcttgcctttcgttgctgacacacatatatgcagCTGCAACATGACTATTTGCTAGGAAACTATCCTGTTGGGAGGGACGATGCTGCACAGCTTTGTGCCTTGCAAATTCTTGTTGGGATTGGGTTTGTCAATA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G65930.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G65930.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
--------gtgagcattttcttcat-tggtgacatttatttccacacaaaag-------gcttgcctttcgttgctgacacacata-----tatgcagCTGCAACATGACTATTTGCTAGGAAACTATCCTGTTGGGAGGGACGATGCTGCACAGCTTTGTGCCTTGCAAATTCTTGTTGGGATTGGGTTTGTCAATA
         || |||  |  || |  || || || || || |   ||| |||       | || | |     |||||||  | |||     ||||||| | |||||||| ||| |  ||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| | |||  |||||||  | || |  ||||| |||||  | |
gtactggcctgggcagctgattgaagtgctgccaattcttacgttacagaagtaatattgtttccttggaagtgctgactaatataattgctatgcagTTACAACATGATTATATTTTAGGAAACTATCCAGTAGGTAGGGATGATGCTGCACAGCTATCTGCTCTGCAAATATTGGTCGAAATTGGCTTTGTTGACA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acatttatttccacacaaaaggcttgcctttcgttgctgacacacatatatgcagCTGCAACATGACTATTTGCTAGGAAACTATCCTGTTGGGAGGGACGATGCTGCACAGCTTTGTGCCTTGCAAATTCTTGTTGGGATTGGGTTTGTCAATA
                                  tgctgac  putative branch site (score: 2)
                                           acatatat  TA-rich tract