1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaagttacttcctgtgtgtatatcccttttgtttacttgactgtttagagcaatgtatatgttatgttaccttcatttgaattaatatcccttatttgtttacttgactgtttagagcacttttatatgttatgttaccttcatttgaattaatgatgttctcttcctatgcagTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTCCACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTGCTGATACATTCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G27640.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGAATGATACTAGGCAGAAGGCGCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCT TATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACAEST: gi|164066047|gb|ES038031.1|ES038031
genomic: TCTGGAATGATACTAGGCAGAAGGCGCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCTgtaagttact ... tcctatgcagTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACA
EST: AAGGCGCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCT TATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTG
genomic: AAGGCGCCTGAACCTGTTCATAAGCGTCCTgtaagttact ... tcctatgcagTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTG
cttttatatgttatgttaccttcatttgaattaatgatgttctcttcctatgcagTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTCCACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTGCTGATACATTCA
aattaat putative branch site (score: 3)
tgttctcttcctat putative PPT
ttcatttgaattaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagttacttcctgtgtgtatatcccttttgtttacttgactgtttagagcaatgtatatgttatgttaccttcatttgaattaatatcccttatttgtttacttgactgtttagagcacttttatatgttatgttaccttcatttgaattaatgatgttctcttcctatgcagTATTGGACAGAGAGTTATGTGCAGTGGTCTCCTTTAGGTACATACCTTGTGACACTCCACAAGCAGGGGGCAGCTGTTTGGGGTGGTGCTGATACATTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT