Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatttttgcttacgttctcttttgatgtgatatgatcattttgtttcttggtttacactctagatacagaaccaagtaactcacttgcaatgctaaacatgagttgagattattttgcacgatctgcagcatctgaatatccactgtagctaacatctcccataacttcttccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAAGAGTTTGCTTCATTATAGACAAGGTTAGCAATCTAAACATCAATTAAC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G03406.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116436932|gb|EG479524.1|EG479524
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436934|gb|EG479526.1|EG479526
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436926|gb|EG479518.1|EG479518
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436944|gb|EG479536.1|EG479536
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436933|gb|EG479525.1|EG479525
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436929|gb|EG479521.1|EG479521
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436941|gb|EG479533.1|EG479533
EST:     GAATTGGAATCGCTGCATCAGATGTGGG--TTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436930|gb|EG479522.1|EG479522
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436942|gb|EG479534.1|EG479534
EST:     GAATTGGAATCGCTGCATCAGATGTGGG--TTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436940|gb|EG479532.1|EG479532
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436943|gb|EG479535.1|EG479535
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436931|gb|EG479523.1|EG479523
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
EST: gi|116436945|gb|EG479537.1|EG479537
EST:     GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTGAGGTTTCAAGCCGCAAG                         GTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA
genomic: GAATTGGAATCACTGCATCAGATGTGGGTTTTAAGGTTTCAAGCCGCAAGgtatttttgc ... ccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagcatctgaatatccactgtagctaacatctcccataacttcttccttgtacagGTTTTACAAGAATTTTTAAAAAAGTATGGTGTACCCGAAGACCTGTTTGGAAGAGTTTGCTTCATTATAGACAAGGTTAGCAATCTAAACATCAATTAAC
                                       cttcttccttgtac  CT-rich tract
       tgaatat  TA-rich tract