Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatattgtcaaacatttaatctctttttgctatctcagttcgttctcgtttacagtgagacctgttttgatgatagtgatgcccgtttctacgcactatactcccttagtgtgtgattcaaaccccacagaaatatttgttggctaaaaaactctttttgttggtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCCCAAGCTCAAGAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G55440.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G55440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g62420.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgtatattgtcaaacatttaatctctttttgctatctcagttcgttctcgtttacagtgagacctgttttgatgatagtgatgcccgtttctacgcactatactcccttagtgtgtgattcaaaccccacagaaatatttgttggctaaaaaactctttttgttggtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCCCAAGCTCAAGAA-----
                                                                     | || |||    |  ||  |  ||    | ||| | ||  | |||        |||   | |        | || ||| ||     |||| |  | ||  |     ||||   | |  |  | ||| | ||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||| || || ||||| ||      
---------------------------------------------------------------------tctttatggcttttgtggtccatt----gtactgtgctgacatagaagtcttctcatttctccacccctaactttttgtcttttttactcgtcatattttt-----cagAGAAGATATCCGATTGGACCAATGTTGTTTTGGCATATGAACCAGTTTGGGCCATTGGAACCGGCAAGGTTGCAACCCCTGCTCAGGCTCAGGAGGTATT

upper sequence: AT3G55440.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g62420.5 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgtatattgtcaaacatttaatctctttttgctatctcagttcgttctcgtttacagtgagacctgttttgatgatagtgatgcccgtttctacgcactatactcccttagtgtgtgattcaaaccccacagaaatatttgttggctaaaaaactctttttgttggtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCCCAAGCTCAAGAA
                                                                     | || |||    |  ||  |  ||    | ||| | ||  | |||        |||   | |        | || ||| ||     |||| |  | ||  |     ||||   | |  |  | ||| | ||||||||  | || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | ||| || || ||||| || 
---------------------------------------------------------------------tctttatggcttttgtggtccatt----gtactgtgctgacatagaagtcttctcatttctccacccctaactttttgtcttttttactcgtcatattttt-----cagAGAAGATATCCGATTGGACCAATGTTGTTTTGGCATATGAACCAGTTTGGGCCATTGGAACCGGCAAGGTTGCAACCCCTGCTCAGGCTCAGGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125223904|gb|EL237989.1|EL237989
EST:     CCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: CCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434595|gb|EG477187.1|EG477187
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125154189|gb|EL184929.1|EL184929
EST:     CATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: CATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434695|gb|EG477287.1|EG477287
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|86079485|gb|DR375242.1|DR375242
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125238989|gb|EL253074.1|EL253074
EST:     GCTGGATCGACCTATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAG
genomic: GCTGGATCGACC-ATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAG
EST: gi|164229717|gb|ES160752.1|ES160752
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGTACAAACTAGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAAC
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTG-ACAAACT-GGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAAC
EST: gi|125259654|gb|EL273739.1|EL273739
EST:     CTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: CTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116470932|gb|EG513524.1|EG513524
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434684|gb|EG477276.1|EG477276
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|86078618|gb|DR374375.1|DR374375
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|124710897|gb|EH802299.1|EH802299
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAA
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAA
EST: gi|124890458|gb|EH969360.1|EH969360
EST:     TGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: TGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125258494|gb|EL272579.1|EL272579
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGT
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGT
EST: gi|116434506|gb|EG477098.1|EG477098
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434673|gb|EG477265.1|EG477265
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|124811714|gb|EH896580.1|EH896580
EST:     GCTGGATCGACCATTGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAG
genomic: GCTGGATCGACCA-TGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAG
EST: gi|124888452|gb|EH967354.1|EH967354
EST:     ATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: ATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434661|gb|EG477253.1|EG477253
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125211515|gb|EL226469.1|EL226469
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAG
EST: gi|163982458|gb|ES080038.1|ES080038
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTG
EST: gi|125086724|gb|EL146113.1|EL146113
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAAATGTTGTCATAGCCTAT
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAA-TGTTGTCATAGCCTAT
EST: gi|125135871|gb|EL175957.1|EL175957
EST:     GCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACA
genomic: GCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCA-GACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACA
EST: gi|116434628|gb|EG477220.1|EG477220
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTCGCGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116443947|gb|EG486539.1|EG486539
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116443934|gb|EG486526.1|EG486526
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125179272|gb|EL197157.1|EL197157
EST:     ACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: ACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434739|gb|EG477331.1|EG477331
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434539|gb|EG477131.1|EG477131
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|124955760|gb|EL030747.1|EL030747
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAAT
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAAT
EST: gi|125310498|gb|EL324583.1|EL324583
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAG
EST: gi|116470943|gb|EG513535.1|EG513535
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125035319|gb|EL107588.1|EL107588
EST:     AGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGG
genomic: AGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGG-TCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGG
EST: gi|124863876|gb|EH948313.1|EH948313
EST:     CTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: CTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116483114|gb|EG525706.1|EG525706
EST:     GATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: GATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125195864|gb|EL210818.1|EL210818
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAA
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAA
EST: gi|116470942|gb|EG513534.1|EG513534
EST:     GGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: GGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434639|gb|EG477231.1|EG477231
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|164228770|gb|ES040719.1|ES040719
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCAT
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCAT
EST: gi|164054993|gb|ES139916.1|ES139916
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTT
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTT
EST: gi|164215072|gb|ES152617.1|ES152617
EST:     GATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTAGG
genomic: GATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGT-GG
EST: gi|116434584|gb|EG477176.1|EG477176
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434617|gb|EG477209.1|EG477209
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTCGCGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|124937258|gb|EL014048.1|EL014048
EST:     GTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: GTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125225691|gb|EL239776.1|EL239776
EST:     CCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: CCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|164201975|gb|ES093717.1|ES093717
EST:     AGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|125033485|gb|EL105754.1|EL105754
EST:     GCTGGATCGACCATAGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGT
genomic: GCTGGATCGACCAT-GGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGT
EST: gi|124890216|gb|EH969118.1|EH969118
EST:     AGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTTTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTG
genomic: AGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGG--TCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTG
EST: gi|164100015|gb|ES174055.1|ES174055
EST:     GCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTAGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGG
genomic: GCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACT-GGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGG
EST: gi|124908158|gb|EH982238.1|EH982238
EST:     CCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: CCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434495|gb|EG477087.1|EG477087
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|124961935|gb|EL036394.1|EL036394
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAA
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAA
EST: gi|124897899|gb|EH974113.1|EH974113
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTC
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTC
EST: gi|125305594|gb|EL319679.1|EL319679
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTA
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTA
EST: gi|164196841|gb|ES143437.1|ES143437
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAA
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAA
EST: gi|116470931|gb|EG513523.1|EG513523
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434717|gb|EG477309.1|EG477309
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGACTATTACCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|124839898|gb|EH924337.1|EH924337
EST:     GGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGT
genomic: GGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGC-TATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGG
EST: gi|164126386|gb|ES203289.1|ES203289
EST:     CAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTTGGTTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTG
genomic: CAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAAC-TGG-TCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTG
EST: gi|124834261|gb|EH918700.1|EH918700
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGT
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGT
EST: gi|125001146|gb|EL073415.1|EL073415
EST:     GGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: GGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116430495|gb|EG473087.1|EG473087
EST:     AGCTGGATCGACCGTGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
EST: gi|116434650|gb|EG477242.1|EG477242
EST:     AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCG                         ATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG
genomic: AGCTGGATCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACCAAGGCTATTGCCGgtatgtatat ... gtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caaaccccacagaaatatttgttggctaaaaaactctttttgttggtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCCCAAGCTCAAGAA
                       ggctaaa  putative branch site (score: 3)
                          taaaaaactcttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtatattgtcaaacatttaatctctttttgctatctcagttcgttctcgtttacagtgagacctgttttgatgatagtgatgcccgtttctacgcactatactcccttagtgtgtgattcaaaccccacagaaatatttgttggctaaaaaactctttttgttggtaatggcagATCGGGTGACAAACTGGTCAAATGTTGTCATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGCCCAGCCCAAGCTCAAGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA