Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgtagaactctcatgagtccaattcttgtaactttatgtgccattttccgtgaggccttaaaatcacagctttcctaattatcttgttcatgattttttaatgatagGATTGCCTTGTGGATGGTGATGTTAGCTCCCTTTGGCATATCGCAAAAGCCATACATGAACTTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G54860.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G54860.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g04720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtgtgtagaactctcatgagtccaattcttgtaactttatgtgccattttccgtgaggccttaaaatcacagctttcctaattatcttgttc-atgattttttaatgatagGATTGCCTTGTGGATGGTGATGTTAGCTCCCTTTGGCATATCGCAAAAGCCATACATGAACTTGAG
|| ||    ||| |  ||  ||  || |     | || |  |  |||||      ||   ||     |   | | || |||||     |    ||  |||||   |||||||| ||||  || ||||| |||   ||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||
gtatgagacactttgctgcatctgatac-----atttcaattttcattta----aagatttt----cccttggtctcttaattcctaagaaggattctttttgcttgatagGAATGCCAAGTTGATGGGGATACAAGCTCGCTTTGGCATATCGCAAAAGCCATTCACAAACTTGAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggccttaaaatcacagctttcctaattatcttgttcatgattttttaatgatagGATTGCCTTGTGGATGGTGATGTTAGCTCCCTTTGGCATATCGCAAAAGCCATACATGAACTTGAG
                                         tttttt  CT-rich tract
                       taattatcttgttcat  TA-rich tract