Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgaaagtcgtatcagatactctactcagtaaataaatcgacctagcctctcatttcatagtcataggccagacgaatctgtcaaaggattagagcaagaactcattaagctttcgaattcagaatattgaattggttgaataatgtatgcttgcagCTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTCACGGTGACGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCGGCCTCTCCCTTGCCGCAAATTTTTCT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G15640.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125099008|gb|EL154967.1|EL154967
EST:     GGAGAAAGGAAAGTCCTTTGAATGCCCGGTTTGCACTCAGTACTTTGAG                         CTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTCACGGTGACGAAGAC
genomic: GGAGAAAGGAAAGTCCTTTGAATGCCCGGTTTGCACTCAGTACTTTGAGgtaagtgaaa ... atgcttgcagCTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTCACGGTGACGAAGAC
EST: gi|164005580|gb|ES198596.1|ES198596
EST:     TGGAGAAAGGAAAGTCCTTTGAATGCCCGGTTTACACTCAGTACTTTGAG                         CTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTC
genomic: TGGAGAAAGGAAAGTCCTTTGAATGCCCGGTTTGCACTCAGTACTTTGAGgtaagtgaaa ... atgcttgcagCTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTC
EST: gi|164132215|gb|ES146864.1|ES146864
EST:     TGGAGAAAGG-AAGTCCTTTGAATGCCCGGTTTACACTCAGTACTTTGAG                         CTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTC
genomic: TGGAGAAAGGAAAGTCCTTTGAATGCCCGGTTTGCACTCAGTACTTTGAGgtaagtgaaa ... atgcttgcagCTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcattaagctttcgaattcagaatattgaattggttgaataatgtatgcttgcagCTGGAAGTGGTTGGTCCTGGTGGTCCTCCGGATGGTCACGGTGACGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCGGCCTCTCCCTTGCCGCAAATTTTTCT
                     aatattgaatt  TA-rich tract