Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgcgccgctgttactcccctgtttcagcctgagcaatttgtgtattatttcctctgccttactcaaaaaggtttttatgtcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCATGAAGATAAGCTTCCTTGGTACCGTGGCAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G11170.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G11170.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0067g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
----gtaatgcgccgctgttactcccctgtttcagcctgagcaatttgtgtattatttcctctgccttactcaaaaaggtttttatgtcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCATGAAGATAAGCTTCCTTGGTACCGTGGCAAG
    ||   |   |   |||  |    | ||   | |||   | ||  |||    ||| ||| ||    ||   |||   ||  |||   ||| |||||    || ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||
gtcagtgcagtttcttagtttttgttgttttcttggctgttgagttcatgttggttttactcagctaagctttgaaa--cttccatg---aatgcagATTTTCGTCATGTGGTTGGATTTAGTGACTTACTTGCATCACCATGGCCATGAAGAGAAGCTTCCTTGGTATCGTGGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125320799|gb|EL334884.1|EL334884
EST:     GGTCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCT
genomic: GGTCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCT
EST: gi|125270562|gb|EL284647.1|EL284647
EST:     AATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
genomic: AATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
EST: gi|125201586|gb|EL216540.1|EL216540
EST:     TCACAATCGGTCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGC
genomic: TCACAATCGGTCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGC
EST: gi|124761777|gb|EH851907.1|EH851907
EST:     CAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
genomic: CAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
EST: gi|124792756|gb|EH882435.1|EH882435
EST:     TCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAA-TCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCT
genomic: TCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCT
EST: gi|124937911|gb|EL014593.1|EL014593
EST:     CTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
genomic: CTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
EST: gi|124770625|gb|EH860755.1|EH860755
EST:     AATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
genomic: AATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
EST: gi|116378423|gb|EG421015.1|EG421015
EST:     TCACAATCGGTCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
genomic: TCACAATCGGTCCAATTCAAATGCTCAAACTTTATGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
EST: gi|125295438|gb|EL309523.1|EL309523
EST:     TGGAATTCCTTACTGG                         ATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT
genomic: TGGAATTCCTTACTGGgtaatgcgcc ... tcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatttgtgtattatttcctctgccttactcaaaaaggtttttatgtcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCATGAAGATAAGCTTCCTTGGTACCGTGGCAAG
                     gccttac  putative branch site (score: 3)
                                     tttttatgtcaaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatgcgccgctgttactcccctgtttcagcctgagcaatttgtgtattatttcctctgccttactcaaaaaggtttttatgtcaaatacagATAAATGTAATGTGGTTGGACTTTGTGACTTACCTGCATCACCATGGTCATGAAGATAAGCTTCCTTGGTACCGTGGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA