Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttttaccttttatctctcactgttggctcaataaacagcctatcttacattagtctttttggtgaaaattaaatgagtttggctattgaggtgtgatttttcaaacttgtgttattcagGCCATTTTTAGTGAATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCGGAAGGTGTATGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G01310.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116449078|gb|EG491670.1|EG491670
EST:     TCCTCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAA                         GCCATTTTTAGTGAATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCG
genomic: TCCTCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAAgtgagtttta ... tgttattcagGCCATTTTTAGTGAATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCG
EST: gi|116448301|gb|EG490893.1|EG490893
EST:     TCCTCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAA                         GCCATTTTTAGTGAATGAACTTGATCCGCACTATCTTCTTCATGATCGCCG
genomic: TCCTCTGGATATCCTCTTGAGAAGGCTCAGGCATATGCTGCTTTAAGAAAgtgagtttta ... tgttattcagGCCATTTTTAGTGAATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaattaaatgagtttggctattgaggtgtgatttttcaaacttgtgttattcagGCCATTTTTAGTGAATGAACTTGATCCGCAATATCTTCTTCATGATCGCCGGAAGGTGTATGAG
                               atttttcaaa  TA-rich tract