1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtgagtatcttaaattagttttttttaagtgatgaaccgtctcgagttgcatgtcacaagaacgagcttttcttttgtgttttgtttaatttggttcacaaccgcctattaatgtttataatctatgtcaaatatagGTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGTCTTGACAATGAAGAAATGAGCGGCGATGAAGATAGCGGAGACGAAGAAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G40290.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAAGGCAAGCTTGTCGTTAAGGAGGGGGCTAGAGCT GTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGTEST: gi|116410699|gb|EG453291.1|EG453291
genomic: CAAAGGCAAGCTTGTCGTTAAGGAGGGGGCTAGAGCTgtgagtatct ... tcaaatatagGTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGT
EST: CAATTGAGACACACAAAGGCAAGCTTGTCGTTAAGGAGGGGGCTAGAGCT GTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGT
genomic: CAATTGAGACACACAAAGGCAAGCTTGTCGTTAAGGAGGGGGCTAGAGCTgtgagtatct ... tcaaatatagGTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGT
tgtttaatttggttcacaaccgcctattaatgtttataatctatgtcaaatatagGTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGTCTTGACAATGAAGAAATGAGCGGCGATGAAGATAGCGGAGACGAAGAAG
tattaat putative branch site (score: 2)
tattaatgtttataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtatcttaaattagttttttttaagtgatgaaccgtctcgagttgcatgtcacaagaacgagcttttcttttgtgttttgtttaatttggttcacaaccgcctattaatgtttataatctatgtcaaatatagGTGAGTGAACGTGATGAAAAGATGCTGACAGAACACATGGCTAAGCTACGTCTTGACAATGAAGAAATGAGCGGCGATGAAGATAGCGGAGACGAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG