1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaagcatgccattatttgctataaattattaggtttacttgtgttcatggctaatagttgattactggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATAGCTGTTGGAGCAGACCAGACTGTTGCAGCTGAACCTGAAGAGGCCGAA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G17390.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAACCTATACTAGCTGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCTATGATGAA GTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATEST: gi|125045618|gb|EL117887.1|EL117887
genomic: AAACCTATACTAGCTGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCTATGATGAAgtaagcatgc ... ctggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTAT
EST: GGTGGTCCTTCTGCTATGATGAA GTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATEST: gi|125162831|gb|EL189601.1|EL189601
genomic: GGTGGTCCTTCTGCTATGATGAAgtaagcatgc ... ctggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTAT
EST: TACTAGCTGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCTATGATGAA GTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGEST: gi|116419184|gb|EG461776.1|EG461776
genomic: TACTAGCTGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCTATGATGAAgtaagcatgc ... ctggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGG
EST: AAACCTATACTAGCTGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCTATGATGAA GTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTAT
genomic: AAACCTATACTAGCTGAGATTGATGCTGGTGGTCCTTCTGCTATGATGAAgtaagcatgc ... ctggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTAT
tataaattattaggtttacttgtgttcatggctaatagttgattactggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATAGCTGTTGGAGCAGACCAGACTGTTGCAGCTGAACCTGAAGAGGCCGAA
attatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcatgccattatttgctataaattattaggtttacttgtgttcatggctaatagttgattactggtgttagGTACTGGAATGATAAAGATGTGTTGGCAAAGCTGGGTGAAGCAATGGGTATAGCTGTTGGAGCAGACCAGACTGTTGCAGCTGAACCTGAAGAGGCCGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG