Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcctcttatttaagcttctgtcaattgtttcttatttttgtcagtacaggagagagtgatttcgtgttgaagaattttttctttagatgacatatgattcaatcagattcctatctcatatcggatgttcttatgcttctgtaataatgtcttttcttcttttgttaaaagGTCTGCGCAGCATTTGTGCATCTCACGGAAGTACTCCCCTCATCTATAGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G16950.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86068099|gb|DR363856.1|DR363856
EST:     AGGGGTTGTTTGTCCTAGCCAATGATCCTGTACCAGAAGTCNGAAAATTG                         GTCTGCGCAGCATTTGTGCATCTCACGGAAGTA
genomic: AGGGGTTGTTTGTCCTAGCCAATGATCCTGTACCAGAAGTCAGAAAATTGgtatgcctct ... ttgttaaaagGTCTGCGCAGCATTTGTGCATCTCACGGAAGTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catatcggatgttcttatgcttctgtaataatgtcttttcttcttttgttaaaagGTCTGCGCAGCATTTGTGCATCTCACGGAAGTACTCCCCTCATCTATAGAG
                               tgtcttttcttctttt  CT-rich tract
                         taataatgtctttt  TA-rich tract