1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgtatatacactctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCTTTGACTGACAACTCTATTGTAGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT2G01250.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGEST: gi|164018459|gb|ES143570.1|ES143570
genomic: TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: CCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGTAGTTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACEST: gi|125219533|gb|EL233618.1|EL233618
genomic: CCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAG-AG-TGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTAC
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTANAAGAGAEST: gi|164108779|gb|ES025314.1|ES025314
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGA
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGEST: gi|124980897|gb|EL053809.1|EL053809
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAG
EST: CCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGEST: gi|164154234|gb|ES205087.1|ES205087
genomic: CCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAGCTTGAAGAGTGTCEST: gi|125307633|gb|EL321718.1|EL321718
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTC
EST: CGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGGTCTACAAGAGAGGTTACGGEST: gi|164231700|gb|EL998579.1|EL998579
genomic: CGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGEST: gi|164207272|gb|ES175042.1|ES175042
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAG
EST: CCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGEST: gi|124719583|gb|EH810985.1|EH810985
genomic: CCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: TGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGEST: gi|124745629|gb|EH836441.1|EH836441
genomic: TGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTEST: gi|125205577|gb|EL220531.1|EL220531
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACT
EST: GAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGEST: gi|164094463|gb|ES082960.1|ES082960
genomic: GAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGG
EST: ACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGEST: gi|164237567|gb|ES093249.1|ES093249
genomic: ACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCEST: gi|124934660|gb|EL011713.1|EL011713
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTC
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGEST: gi|125226913|gb|EL240998.1|EL240998
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTG
EST: TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGEST: gi|125094418|gb|EL151918.1|EL151918
genomic: TGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGG
EST: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGG ATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG
genomic: AAGGCTACGATGAACATGCTTCGCCGTGTTGAGCCCTATGTCACTTACGGgtatgtatat ... tgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAG
tgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCTTTGACTGACAACTCTATTGTAGAG
agataac putative branch site (score: 3)
tgacttttctcttctg putative PPT
ataacaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtatatacactctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttctcttctgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCTTTGACTGACAACTCTATTGTAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT