Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatttttaatcagtttttggtgtctggctatttcccaataggtgtcaagtcttccatttaccatcattgtacctgtatctaatttggctggtgcattgttgggtttcttcttttgtcagGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G67325.2
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116475626|gb|EG518218.1|EG518218
EST:     ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTG                         GTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
genomic: ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTGgtatgtattt ... cttttgtcagGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
EST: gi|116485681|gb|EG528273.1|EG528273
EST:     ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTG                         GTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
genomic: ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTGgtatgtattt ... cttttgtcagGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
EST: gi|116485680|gb|EG528272.1|EG528272
EST:     ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTG                         GTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
genomic: ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTGgtatgtattt ... cttttgtcagGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
EST: gi|116475625|gb|EG518217.1|EG518217
EST:     ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTG                         GTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG
genomic: ACATATGTCTGGACCACCACCATACCATGGCGGATCTATGATGGGAAGTGgtatgtattt ... cttttgtcagGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattgtacctgtatctaatttggctggtgcattgttgggtttcttcttttgtcagGTGGTATGTATGGAATGCCTCCACCAATAGACAGGTATGGCCTTGGTATGGCAATGGGTCCTGGTTCTGCCGCTGCCATG
            atctaat  putative branch site (score: 3)
                                       tttcttcttttgtc  putative PPT
           tatctaattt  TA-rich tract