Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctcctgtttatccaatggcctttccttttaaaattatcgtacctttgtgtttatctcttgtttactatcattgattcatgtctatgtgcatgtgtttacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAACATGTTGAAGTGGTTTGCTCCAAGAATGGGCTATGCTCCCTTCTCTGCCC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G57720.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|152035102|gb|BP844635.2|BP844635
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCAGATGGAGCAA
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAA
EST: gi|124763202|gb|EH853332.1|EH853332
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTT
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTT
EST: gi|124956219|gb|EL031166.1|EL031166
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCG
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCG
EST: gi|124821159|gb|EH906025.1|EH906025
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGA
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGA
EST: gi|164046117|gb|ES162502.1|ES162502
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCAT
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCAT
EST: gi|164140036|gb|ES035059.1|ES035059
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGAT
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGAT
EST: gi|124742476|gb|EH833638.1|EH833638
EST:     ATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
genomic: ATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
EST: gi|125212553|gb|EL227507.1|EL227507
EST:     CTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
genomic: CTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
EST: gi|116473109|gb|EG515701.1|EG515701
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
EST: gi|124901416|gb|EH975496.1|EH975496
EST:     ATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
genomic: ATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
EST: gi|164022821|gb|ES147631.1|ES147631
EST:     GATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGNGATTGATGCTAAC
genomic: GATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
EST: gi|125193807|gb|EL208761.1|EL208761
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTT
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTT
EST: gi|125062485|gb|EL130813.1|EL130813
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCA
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCA
EST: gi|124925973|gb|EL003889.1|EL003889
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACCCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATT
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATT
EST: gi|164081944|gb|ES128497.1|ES128497
EST:     GATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
genomic: GATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
EST: gi|116410809|gb|EG453401.1|EG453401
EST:     GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATAC                         GCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC
genomic: GCCGTAAGAATGGTGACAACTCTTTGAATGGATCCTCCCTTATTGAATACgtaagctcct ... tacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatctcttgtttactatcattgattcatgtctatgtgcatgtgtttacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAACATGTTGAAGTGGTTTGCTCCAAGAATGGGCTATGCTCCCTTCTCTGCCC
                 cattgat  putative branch site (score: 4)
                                           tttacttttc  putative PPT
                                           tttactttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagctcctgtttatccaatggcctttccttttaaaattatcgtacctttgtgtttatctcttgtttactatcattgattcatgtctatgtgcatgtgtttacttttcagGCTCACATTGAGCAATGGATCGATTTCTCCTCATTGGAGATTGATGCTAACATGTTGAAGTGGTTTGCTCCAAGAATGGGCTATGCTCCCTTCTCTGCCC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG