Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctctcccttaaacctcaaatatcttgacttgcttatgactaaacctctataggttctgtttcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G20020.3
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G20020.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G168143_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtctctcccttaaacctcaaatatcttgacttgcttatgactaaacctctataggttctgtttcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG----------------------
          ||| | ||| | | |  ||||    |        |||||  || || |     ||    ||| |   | |   || | |   || | |||    ||        ||||||||||| || ||||| || ||||| ||| | || ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||                      
---------gtaagcttcagagagcc-gactccagtccagt---acctccttacgtaca--cactgacgacagccagagattttacttacagtcatgcttgccaattgct--tgcagCTTGCCACCGGTACAGGTATCGCTCCGTTCCGATCGTTCCTGTGGAAGATGTTCTTTGAGAAGCATGACGACTACAAGGTACAGGCAGGCAGCGGTGTTG

upper sequence: AT1G20020.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G168143_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtctctcccttaaacctcaaatatcttgacttgcttatgactaaacctctataggttctgtttcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG
          ||| | ||| | | |  ||||    |        |||||  || || |     ||    ||| |   | |   || | |   || | |||    ||        ||||||||||| || ||||| || ||||| ||| | || ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
---------gtaagcttcagagagcc-gactccagtccagt---acctccttacgtaca--cactgacgacagccagagattttacttacagtcatgcttgccaattgct--tgcagCTTGCCACCGGTACAGGTATCGCTCCGTTCCGATCGTTCCTGTGGAAGATGTTCTTTGAGAAGCATGACGACTACAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125248699|gb|EL262784.1|EL262784
EST:     ATCCAAACGACCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: ATCCAAACG-CCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|86065482|gb|DR361239.1|DR361239
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|164100854|gb|ES062835.1|ES062835
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAG
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAG
EST: gi|125156533|gb|EL186098.1|EL186098
EST:     CCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGTCCGCAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGAT
genomic: CCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTG-CCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGAT
EST: gi|125066982|gb|EL133657.1|EL133657
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGAACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTAT
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGA-CAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTAT
EST: gi|116472061|gb|EG514653.1|EG514653
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|124940213|gb|EL016682.1|EL016682
EST:     TAGGCAAAGAAATGC-TANGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTA
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTA
EST: gi|124747975|gb|EH838105.1|EH838105
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGG
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGG
EST: gi|125254149|gb|EL268234.1|EL268234
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCT
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCT
EST: gi|86081707|gb|DR377464.1|DR377464
EST:     CAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCT-CTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: CAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|125292842|gb|EL306927.1|EL306927
EST:     CAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTT-CAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: CAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|164024222|gb|ES135220.1|ES135220
EST:     AAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: AAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|124876940|gb|EH956377.1|EH956377
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATG
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATG
EST: gi|125184524|gb|EL199478.1|EL199478
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATG
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATG
EST: gi|124740955|gb|EH832117.1|EH832117
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTT
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTT
EST: gi|124869249|gb|EH953686.1|EH953686
EST:     CCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: CCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|124782917|gb|EH872836.1|EH872836
EST:     GCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: GCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|124978218|gb|EL051442.1|EL051442
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTT
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTT
EST: gi|125262586|gb|EL276671.1|EL276671
EST:     CCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
genomic: CCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATG
EST: gi|125042817|gb|EL115086.1|EL115086
EST:     TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATG                         CTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCC
genomic: TAGGCAAAGAAATGCTTATGCCAAAGGATCCAAACGCCACCGTTATTATGgtctctccct ... aacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG
         atcattaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtctctcccttaaacctcaaatatcttgacttgcttatgactaaacctctataggttctgtttcttgaaacatcattaaacactagtaaacatccttcttcttcatgaacaccacagCTTGCCACAGGGACAGGAATTGCTCCTTTCAGGTCTTTCTTATGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG