Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgcctttcggtttttctgttttctctatcctgttattttccctttagcaatacaaattcttatgtgagtaacgttaccaaacaccaactttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGAGGCATATTTCGCAGAGTTATACCTTTCAAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G19660.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116471465|gb|EG514057.1|EG514057
EST:     CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAG                         GTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGAGGCATATTTCGCAGAG
genomic: CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAGgtacgccttt ... ttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGAGGCATATTTCGCAGAG
EST: gi|124936193|gb|EL013117.1|EL013117
EST:     CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAG                         GTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGAGGCA
genomic: CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAGgtacgccttt ... ttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGAGGCA
EST: gi|124751643|gb|EH841773.1|EH841773
EST:     CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAG                         GTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGA
genomic: CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAGgtacgccttt ... ttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGA
EST: gi|124889511|gb|EH968413.1|EH968413
EST:     CTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAG                         GTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCAAACGAGGCATATTTCGCAG
genomic: CTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAGgtacgccttt ... ttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCA--CGAGGCATATTTCGCAG
EST: gi|124741015|gb|EH832177.1|EH832177
EST:     CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAG                         GTTAGGCTTGTTAGA
genomic: CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAGgtacgccttt ... ttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGA
EST: gi|125145432|gb|EL180629.1|EL180629
EST:     CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAG                         GTTAGGCTTGTTAG
genomic: CCACTATGTATCAAGTGGTGAAGGACATGGTAGACAAAATGGGTTATGAGgtacgccttt ... ttttctgcagGTTAGGCTTGTTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagcaatacaaattcttatgtgagtaacgttaccaaacaccaactttttctgcagGTTAGGCTTGTTAGAGTTACCACAAGAGTTCACGAGGCATATTTCGCAGAGTTATACCTTTCAAAG
                     gagtaac  putative branch site (score: 2)
                                           ctttttctgc  putative PPT
     atacaaattcttat  TA-rich tract