Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttgctttgcttgtcaagagttgtgtggaaaaattagtgagcatggaaatctgattttttttttctttttcttgggatgaatgaaacagGAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGTGAACAGGCCACATCCATGGGGACTTCTAATCACATTCATTGAGCTAATAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G02080.2
intron # 48
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164230122|gb|ES086207.1|ES086207
EST:     CTCATTACTTTTCTTTCATCATGCTCTATCTATTCTTCGAATCTGATCAG                         GAGATCATACAGGAGCAAA
genomic: CTCATTACTTTTCTTTCATCATGCTCTATCTATTCTTCGAATCTGATCAGgtgagtttgc ... aatgaaacagGAGATCATACAGGAGCAAA
EST: gi|116401565|gb|EG444157.1|EG444157
EST:     CTCATTACTTTTCTTTCATCATGCTCTATCTATTCTTCGAATCTGATCAG                         GAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGTG
genomic: CTCATTACTTTTCTTTCATCATGCTCTATCTATTCTTCGAATCTGATCAGgtgagtttgc ... aatgaaacagGAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGTG
EST: gi|116449492|gb|EG492084.1|EG492084
EST:     CTCATTACTTTTCTTTCATCATGCTCTATCTATTCTTCGAATCTGATCAG                         GAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGTG
genomic: CTCATTACTTTTCTTTCATCATGCTCTATCTATTCTTCGAATCTGATCAGgtgagtttgc ... aatgaaacagGAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGTG
EST: gi|125235631|gb|EL249716.1|EL249716
EST:     TCTATCTATTCTTCGAATCTGATCTAG                         GAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGT
genomic: TCTATCTATTCTTCGAATCTGATC-AGgtgagtttgc ... aatgaaacagGAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagtgagcatggaaatctgattttttttttctttttcttgggatgaatgaaacagGAGATCATACAGGAGCAAATAACTAGAGTGCTGTTGGAACGGCTAATTGTGAACAGGCCACATCCATGGGGACTTCTAATCACATTCATTGAGCTAATAA
              atctgat  putative branch site (score: 4)
            aaatctgatttttttt  TA-rich tract