Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagttgatttaacttttgtatataaatgttttgaattctttttcatttgtatgttaaattaatttcctttctctgtgtcaatgccttttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATATATGCGTTTCACTTAGCCCAAAAGTCAACTGAGAAAAGCGTTGAGAATATGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G63890.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86068844|gb|DR364601.1|DR364601
EST:     TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAG                         CTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACA
genomic: TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAGgtagttgatt ... ttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACA
EST: gi|86068846|gb|DR364603.1|DR364603
EST:     TCCAGCTGAATAAAGNTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAG                         CTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACA
genomic: TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAGgtagttgatt ... ttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACA
EST: gi|86068847|gb|DR364604.1|DR364604
EST:     CAGCTGGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGGAGCTTTCTGTTCCTGAG                         CTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGA
genomic: CAGCTG-AATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTG-AGCTTTCTGTTCCTGAGgtagttgatt ... ttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGA
EST: gi|86068843|gb|DR364600.1|DR364600
EST:     TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGNTCCTGAG                         CTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACAT
genomic: TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAGgtagttgatt ... ttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACAT
EST: gi|86068845|gb|DR364602.1|DR364602
EST:     TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAG                         CTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATATAT
genomic: TCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTTTCTGTTCCTGAGgtagttgatt ... ttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatttgtatgttaaattaatttcctttctctgtgtcaatgccttttgtattcagCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATATATGCGTTTCACTTAGCCCAAAAGTCAACTGAGAAAAGCGTTGAGAATATGA
              aattaat  putative branch site (score: 3)
                                       tgcctttt  putative PPT
       tatgttaaattaattt  TA-rich tract