1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' | 23 5' 3' | 24 5' 3' | 25 5' 3' | 26 5' 3' | 27 5' 3' |
...aagataaaatttcattattagatcatattctatgaccaatattaagaaattatagttcttacaagtatactaatgtaatgtttgtttcttgcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTCTGGAACAAAAGAAGATTGCCGGTGGTTCTTGCACAACAACTGAAGATGGAGGTGAAGATATATTATGTGCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G60930.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: -GCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAG TCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTCEST: gi|164089355|gb|ES072798.1|ES072798
genomic: GGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgt ... gcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC
EST: GCTCTTTGTCTCGAGCTACGAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAG TCGGTCCCATGCAATCTTCACAAEST: gi|164235992|gb|ES056151.1|ES056151
genomic: GCTCTTTGTCTCGAGCTAC-AGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgt ... gcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAA
EST: GGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAG TCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC
genomic: GGCTCTTTGTCTCGAGCTACAGGCAGCACAAACATGAATAGCCAGTCAAGgtgaatttgt ... gcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTC
gaaattatagttcttacaagtatactaatgtaatgtttgtttcttgcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTCTGGAACAAAAGAAGATTGCCGGTGGTTCTTGCACAACAACTGAAGATGGAGGTGAAGATATATTATGTGCA
tactaat putative branch site (score: 1)
tttgtttcttgctttt putative PPT
tatactaatgtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagataaaatttcattattagatcatattctatgaccaatattaagaaattatagttcttacaagtatactaatgtaatgtttgtttcttgcttttttagTCGGTCCCATGCAATCTTCACAATCACTCTGGAACAAAAGAAGATTGCCGGTGGTTCTTGCACAACAACTGAAGATGGAGGTGAAGATATATTATGTGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- -ataaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - accaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttacaa